Det är viktigt att ha stor öppenhet vid hanteringen av ärenden om GMO, något som tillgodoses genom offentlighetsprincipen. En del uppgifter, som vissa tekniska data, omfattas av offentlighets- och sekretesslagen (2009:400) och offentlighets- och sekretessförordningen (2009:641).Vissa begränsningar i sekretessen gäller särskilt för GMO enligt sekretessförordningen. För utredning, tillståndsgivning och tillsyn av GMO gäller inte sekretess i de fall allmänintresset kan anses ha sådan vikt att uppgifterna bör lämnas ut. Beslut i ärenden måste alltid vara offentliga.
I ärenden om tillstånd och anmälan, gäller inte sekretess för följande uppgifter:
- en allmän beskrivning av de genetiskt modifierade organismerna
- vem som bedriver den verksamheten och dennes adress
- uppgift om verksamhetens syfte
- var verksamheten bedrivs
- klassificering i riskkategori
- skyddsåtgärder
- planer för övervakning och nödsituationer
- sådan riskbedömning som avses i 1 kap. 6 § i förordningen (2002:1086) eller 7 § i förordningen (2000:271)